上海美专在刘海粟的苦心经营下，已具相当规模，成了海内知名的艺术学府了。 他学习蔡元培先生兼容并蓄的办学方针，他求贤若渴，不但拥有张大千、林风眠等一流的师资，还邀请像康有为、梁启超、蔡元培、陈独秀、胡适、郭沫若、徐志摩等名家学者，到美专讲学。培养出了像徐悲鸿、朱屺瞻、王济远、黄镇等著名的艺术家，享誉海内外。就在师生们积极筹备十周年校庆的时候，一场意想不到的风潮发生了。1926年11月22日，西画系主任王济远在上课，外班学生郎应年擅自闯进教室与正在上课的学生讲话。王济远令其出去，发生争执。郎以教师侮辱学生为由，煽动学生组织学生会，要求学校开除王济远。校方不能接受这样的要求，宣布开除郎应年等三名学生。学生会宣布罢课，王济远愤然致函刘海粟，要求辞职。矛盾仍在继续着。校董事会主席蔡元培先生出面调停亦无效，校董事会只好决定提早放假。 学生又开会反对这个决定。部分教师带领部分学生发起成立了新华艺专。一波三折的风潮，使上海美专的元气大伤。但刘海粟仍没放弃他的理想，1927年新学期开始，他就主持修订了招生简则。对报考者提出了严格要求，并添聘丰子恺为国画理论教授，沙辅卿任国画教授。还请曾农髯、王一亭等名家每星期来为学生挥毫示范。但去年离校学生又强行返校，与校方发生冲突。刘海粟被迫辞去了校长职务，由校务委员会主持校务。冲突仍然未能停止，校委会只得拟议宣告暂行停办。恰在此时，白崇禧所属部队开进上海，扶持陈群、杨虎大搞恐怖活动，残酷镇压工人运动。 “四一二”血光笼罩着全国，杨虎宣布通缉学阀章炳麟、袁希涛、郭秉文、黄炎培、刘海粟等15人。刘海粟在黄炎培先生的一再劝说下，离开上海，亡命日本。
刘海粟此次流亡异域，印证了“塞翁失马，安知非福”的古老成语。在东京，他重逢了好友王济远、画家张善�和诗人柳亚子。再见了他第一次访日时结识的日本南画界著名画家小室翠云，相识了日本关东画派领袖桥本关雪，和收藏家工农大臣山本悌二郎。应邀去过他们的别墅作客，观赏了他们的艺术收藏，见到了罗丹的素描，塞尚、凡高、高更、马蒂斯的原作，和从我国流失的古代艺术珍品。彼此交流了对古今绘画艺术的看法，还应邀到《朝日新闻》社作了《石涛和后期印象派》的演讲，论证了在二百多年前，石涛就发现了塞尚他们所探索的绘画奥秘。听者如潮，汇集了日本绘画界的名流。小室翠云称他的演讲是“二十世纪东方最伟大的画论”，并译刊在他主编的《新南画》上，同时还刊发了他的数帧山水画。桥本关雪称他是“东方艺坛狮子”。他同日本绘画界进行了广泛的接触，增进了友谊和相互了解。《朝日新闻》社为他在社部举行了个人展览，开幕式很隆重，柳亚子夫妇，王济远、张善开和日本文化艺术界名流都出席祝贺，展品订购一空。日皇购藏了《泰山飞瀑》、《月落乌啼霜满林》。文部大臣青浦奎吾子爵购藏了《峦树草堂》。日皇奖他银杯一座。东京出版的《诗书画》发表了他的作品，刊登了艺评家对他作品的评论。两个月时间，收获累累。
1927年7月，蔡元培任了中华民国政府大学院长，负责大学教育和科学研究，他一心想振兴中国的美育，写信给逃亡日本的刘海粟，催他回国。8月，刘海粟回到上海。10月，上海美专复校。