蒋介石、汪精卫为首的国民党反共集团，打着"清党"、"分共"的招牌，屠杀共产党人和工农革命者。他们从上海杀起，杀到广州，又杀到武汉。据不完全统计，1927年3月至1928年上半年，被杀害的共产党员2.6万人；共产党员从原来的6万人，减少到1万多人。
1927年7月12日，根据共产国际的指示，中共中央改组，由张国焘、李维汉、周恩来、李立三、张太雷组成临时中央常务委员会，后来又补入瞿秋白。7月13日，中共中央发表声明，公开谴责汪精卫集团的反共政变，命令共产党员退出武汉国民政府。不久，瞿秋白与鲍罗廷秘密离开武汉，前往江西庐山。奉命赴九江策动张发奎部相机起义的李立三、谭平山、邓中夏、恽代英、聂荣臻、叶挺一致建议中央在南昌实行独立的军事行动。21日，李立三、邓中夏赶赴庐山，请瞿秋白回汉向中央报告，从速决策。
瞿秋白回到武汉，参加了7月25日召开临时中央常委扩大会议。会议决定组织前敌委员会，由周恩来、李立三、恽代英、彭湃四人组成，周恩来为书记，即赴南昌负责组织起义工作。7月26日下午，中央常委再次举行会议，与会者认为，在南昌举行起义是正确的，决定派张国焘前往南昌贯彻中央的决定，张国焘不愿意去，瞿秋白和李维汉催促他说："还是你去一趟吧，责任不单是送信，是要去看看情形，参预决定呢。"张国焘到九江、南昌后，仍对张发奎抱幻想，阻挠起义，遭到周恩来、李立三、彭湃、恽代英、谭平山、叶挺等人一致反对。8月1日，南昌起义终于实现。从这一天开始，中共独立领导自己的武装力量进行战斗了。
在革命高潮中参加共产党和革命的人中，不少人这时感到悲观失望，前途莫测。那些投机分子、动摇分子，有的声明退党，有的自首叛变，有的摇身一变成为屠夫。脱党的人数一天天增加，有些党的组织准备解散，并影响到工农群众对革命产生动摇和恐慌。
中国革命处于巨大的震荡和分化时期，中共面临着建党以来最严重的危机关头。为了总结大革命失败的经验教训，确定新的斗争方针，临时中央根据共产国际的指示，决定召开紧急会议。瞿秋白回到汉口，从参加南昌起义的决策开始，就实际上参加了临时中央常委的工作，这一方面由于五人常委中已有三人（周恩来、张国焘、李立三）参加南昌起义，同时更重要的是他当时在党内的声望。
在瞿秋白主持下，根据共产国际的指示，李维汉、张太雷和共产国际代表罗米那兹参加筹备下，中央紧急会议在8月7日秘密举行。"八七"会议的议程是：罗米那兹的报告；讨论并通过《中国共产党中央执行委员会告全党党员书》；瞿秋白作报告；代表讨论；最后通过关于党的组织、职工运动和农民运动等决议。"八七"会议批判了陈独秀，停止了他的中央总书记职务。决定了土地革命战争的政策。毛泽东在会议上提出了"枪杆子里面出政权"的论断。
"八七"会议实际上是共产国际授权由瞿秋白领导中共走上新的革命历程。8月9日，瞿秋白主持召开中央临时政治局第一次会议，选举瞿秋白、苏兆征、李维汉为中央政治局常务委员会委员。这时，瞿秋白28岁。
"八七"会议挽救了中共及其领导革命，同时却为"左"倾错误的革命，同时却为"左"倾错误开辟了道路。"左"倾错误的主要来源是共产国际及其派驻中国的代表，但是，中共临时政治局常委和瞿秋白个人也负有执行的责任。
白色恐怖下的武汉已经无法站脚，中共中央领导机关决定撤离武汉，回到上海。瞿秋白与郑超麟化装成商人，于9月中旬乘船顺江而下，回到同样是一片白色恐怖的上海。
根据"八七"会议的决策，中央临时政治局派毛泽东为中央特派员去湖南发动湘赣边界数县农民秋收起义，起义军攻打长沙等城市失败。9月下旬，毛泽东率领部队开始向井冈山进军，创建农村革命根据地，实行工农武装割据。