由恽代英倡议的少年中国学会第二届年会1921年7月1日在南京召开。恽代英热切希望从学会的朋友们那里听到更多有益的建议，得到启发，共同找到一条救国救民的道路。他在开幕式上说：
“我从不盼望做民众装饰品的所谓学者……我希望求学、做事、结会、创造少年中国；每个同志不但有学问、有品格，而且能自觉的在共同目标下，分工互助，共同创造少年中国。这次，我为寻求共同目标而来。我希望我们的学会不但有许多有力的个人，而且成为有力的团体；不但有个人的事业，而且有团体的事业。希望这次年会能回答我的期望。”
四天的会议就“主义”的问题展开了激烈的辩论。邓中夏、高君宇、黄日葵等代表北京的会员明确提出学会要以社会主义为方向，会员要参加革命实践活动，但遭到左舜生、陈启天等人的反对。坚持需要“主义”会员讲得头头是道，步步紧逼，理由充分；而主张不要“主义”的人寸步不让，不肯服输，有的甚至以去留相争。 为了是影响学会以内部的团结，恽代英一开始力求调和矛盾，希望能使双方争论的距离缩短些，但双方不肯妥协。他联想自己一年来寻求救国道路的经历，认识到明确目标对当代有志改革者的迫切性与重要性。从这次会议表现出来的学会内部意见分歧的尖锐程度，他意识到想要调和矛盾已不可能。与其没有一个共同的目标，硬把大家扯在一起，分散了精力，不如从实际情况出发，对学会和每个会员负责，他提出了“理智指导的分裂”。
在后来他给北京朋友杨钟健的信上倾诉他对这次会议的看法时表示：“希望学会为波歇维（布尔什维克）式的团体”。他认为如果将这些要求太减低了，就会“失去以前精彩，亦令内部许多人会觉失恋（我便是一个）”。他感到很失望。同时，这次年会有大辨论也深深教育了他，促使他重新思考一两年来他和他的伙伴们所设计、谋划、追求的那种共同生活以及他亲笔描绘的《未来之梦》。中国社会的根本问题是什么？解决问题的具体方案是什么？中国应向何处去？互助社、利群书社究竟要选择什么道路？他在回去武汉的轮船上，对此作了十分认真的思考。
数日后，恽代英、冼百言、郑遵芳结伴去黄冈回龙山参加利群书社7月16日的年会。恽代英首先发言说：当今倡导社会主义的人很多，我以为“与其提倡争存”，“不台提倡互助”，为了“人类的共存”，我主张成立一个波歇维（布尔什维克）性质的“共存社”。至于怎样达到人类共存的目的呢？欢迎大家从多方面发表意见。
他的发言受到与会朋友异乎寻常的欢迎。大家发自内心地拥护代英现在提出的新主张，即把团体向前推进一步，成立实现人类共存的“共存社”，以指导今后的活动。
大会选举杨书渠为总务股委员，恽代英为教育股委员。郑遵芳为实业股委员，廖焕星为宣传股委员。共存社对社员个人修养和经济关系较之互助社、利群书社提出了更严格的要求。恽代英起草的《浚新大会记略》这一历史性文件，郑重宣告了共存社正式成立，并明确共存社的宗旨是：
“以积极切实的预备，企求阶级斗争、劳农政治的实现，以达到圆满的人类共存为目的。”
共存社的成立标志着：恽代英和他的伙伴们接受了马克思主义，把无产阶级革命的目标和策略，写在了自己光荣的旗帜上。
8月间，利群书社的小报《我们的》第7期刊载了共存社成立的消息，产生了广泛影响。回到长沙的易礼容（他参加了共存社成立的会议，实际上是作为毛泽东的观察员），把情况如实告诉刚从上海参加了中共一大后回来的毛泽东，毛泽东十分重视和赞赏共存社的纲领。
当恽代英得知7月23日中国共产党已在上海成立后，立即和黄负生、李书渠、林育南、李求实、林育英等研究，认为：共存社和共产党的主义、纲领、目的有很多相似之处，不必分散活动而相互抵消力量。所以他建议：共存社社员，可根据各自的具体条件，分别参加共产党和青年团以及劳动组合书记部的活动。他决心把他多少年来的精心培养、锻炼并以严格的纪律组织起来的这支革命力量，引进中国共产党的队伍里去，统一意志，集中力量，向旧社会，向反动势力作更猛地进击。
10月上旬，恽代英最后一次拜访了黄负生，并交给这位共存社的经济干事一笔现款。他说：“这是作为社员向组织交的最后一次自己能支配的款项，是从泸州刚汇来的我的下半年的薪金。我已给父亲一些安家费，也给你留下一些照顾儿女用，请你一定接受我的一点心意。你经济困难，我看你的脸色也不太好，你一定要注意身体。另外一点钱，请你转交求实和卢斌，作为他们明年去泸州的路费。”
和黄负生谈话后，恽代英就向上海党组织发信，请求加入中国共产党。到泸州后不久，他接到上海党组织接受他入党的来信，因当时四川还没有建党，他就直接和上海联系，并根据上海党组织的指示，在泸州开建团活动。
这年冬天，共存社完成了自己的历史任务，就自行结束了。