1957年4月21日，江苏省政协一届三次会议在南京召开。刘海粟在小组发言，提倡讲真话、画真画，批评在美术教学上“几年来画是千篇一律，在北京、西北、南京、无锡的美术学校，画的都是一样”，“没有生命，没有感情”。5月16日，他又在中共上海市委宣传工作会议上发言，主张“华东艺专美术系留在上海，免得将来需要时另起炉灶”，“上海美专有传统、有经验，不应该连根拔掉”。他对国务院下达的将华东艺专迁往西安的决定有异议，他认为华东这样的大区，不能没有一所高等艺术院校，生在江南长在江南的艺术家们，画惯了江南的山水和人物，让他们离开了他们熟悉的生活土壤就开不出花，结不出果。他就此给周总理写信，申述了他的看法。周总理接到他的信后，立即作出了反映，派人下来调查研究，很快下达了撤销关于华东艺专迁西安决定的文件。7月，第三次全国文代会和第二次中国美术家代表大会在北京召开，并举办全国美展，刘海粟都被排斥在外。他的油画《梅山水库晨曦》和中国画《佛子岭水库》只入选了“中国人民解放军建军三十周年纪念展”。可他的善意意见并没得到理解，有人反而认为他是要把华东艺专办成上海美专，是出于个人野心。因为华东艺专前身是上海美专，他是格外钟爱它，希望它健康发展，为新中国的建设培养出更多的人才。可他又被误会了。
10月20日，江苏省文联派人给他送来通知，说lo月22日至26日在南京召开五省文联委员(扩大)会议，中国美协南京分会全体筹委参加会议。这时华东艺专已决定要从无锡迁往南京，归江苏省领导。他是省文联委员、美协上海分会理事、美协南京筹委副主任，正想到南京看看学校即将迁往的丁家桥校址。他一到南京就感到气氛不对。许多和他有过密切交往的同行突然不敢接近他，往昔很趋奉他的人碰到他，也是冷淡地点个头。待他走进会场，看到挂在台口“揭发、批判反党反社会主义老牌右派分子刘海粟大会”的巨幅标语时，他才完全明白，这个会是特地为他开的。据刊登在《美术》杂志同年11月号上《江苏省文艺界揭发批判右振分子刘海粟一文所载，其被揭发批判的主要罪名是：一、反对国务院一九五六年关于华东艺专迁往西安的决定。二、污蔑学校党的领导不懂业务，靠党吃饭，把学校领导垮了。三、他想恢复刘家店，酝酿了一个上海美专或上海美术学院的人事行政机构和组织纲领，从院长到系主任都拟定了人选，而把华东艺专的党员干部全部排挤在外，利用党整风大鸣大放的机会向党疯狂进攻，想把共产党赶下台。四、攻击八年来的美术成绩，画的都是假画，千篇一律，没有风格，没有生命，没有感情。攻击年画，连环画是小人书、花纸，不登大雅之堂。对国画、油画他喜欢的那一套，才算提高，对反映现实斗争生活的绘画，攻击是照相主义，干巴巴，公式化，概念化，是千篇一律，抹杀个性的教条主义的学校教育的必然结果，是误人子弟。五、反对学习苏联。攻击苏联在国际艺坛上是没有地位的，列宾在世界美术史上只是二三流的角色。六、把上海美专冒充私产，向政府骗取巨款。七、在抗战时期，和汪伪勾搭，日本人用军用飞机把他送回上海等等达20多条。宣布对他实施隔离审查。
1958年2月，华东艺专从无锡迁到南京丁家桥。刘海粟已失去了自由，随校去到南京，不给带家属，住在学校，在食堂吃饭。除了参加批斗会，就在室内写检查。4月，他被划成“右派分子”，被撤销华东艺术专科学校校长职务，从一级教授降为四级教授，并被撤销中国人民政治协商会议江苏省委员会委员和南京美协筹备委员会委员等职。
半年的批判、隔离审查，刘海粟盼望有个公正的结论。没想到这个结论把他划入了另册。他深感冤屈，不服，但又无处申诉。一股愤然之气从绞痛的心中奔入血管，涌向四肢，他的脑袋随之也鼓胀起来，有天突然“轰”地一声，失去了知觉，倒在了地上。被常常偷偷来照看他的烧开水的陈师傅发现了，他用大板车把刘海粟拉到了就近的解放医院。他患的是中风。经抢救，方脱离了危险。但口眼歪斜，不能说话，右半身瘫痪，在夏伊乔的要求下，学校同意她把他接回上海养病。他被划入另册，遭遇孤立歧视，病魔又落井下石，把他推进了苦难的深渊，可他没有沉沦，他仍追求进步，向往完美和光明，他每天摩挲观赏他的收藏，在夏伊乔精心护养和刘海粟与疾病顽强抗争的努力下，经过两年艰苦卓绝的努力，他终于战胜了病魔，1960年3月4日，他又开始握笔画画了。他在上海复兴公园作了油画《东风吹开朵朵红》。
久病初愈的刘海粟，就像久旱得雨的旱苗，调动了体内积蕾的阳光，蓬勃起来。两年的病榻生活，饱吸了古代文化积养，丰厚了他传统艺术根基，就像一座火山，缄默得愈久，它的喷射力就愈强，他迎来了他艺术旅程中又一个旺盛阶段。画风有了崭新面貌。这段时间，他创作了油画十幅，中国画近百幅，还给马来亚弟子李家耀所摹的《宋人百花图卷》题了长跋。那是一篇精彩的花卉画论著。1962年春天，他应中国人民政治协商会议特邀，偕夫人到北京，出席全国政协会议。会议期间，周恩来总理约见了他夫妇，给予他许多的鼓励，他还欢晤了陈毅、习仲勋和他的老友何香凝、郭沫若、黄炎培、陈叔通、章士钊、叶恭绰等，受到很大的激励和鼓舞．北京回来后，即赴浙江参观写生。作了油画《灵隐》、《严子陵钓台观富春江》、《七里泷》、《西湖南高峰》、《西湖叠翠》、《上海庙会》、《斗鸡》、《黄山莲花峰》和中国画《鳜鱼图》、《水墨荷花》、《五老峰霁雪》。由于劳累过度，于1963年5月22日再次患了中风，住进华东医院，经名医精心治疗，转危为安，半年后，渐渐康复，在手颤臂抖时，他就开始练习作画，一心扑在艺术上。从这年9月起至文革前夕，他创作了大量的中国画和油画，其中最重要的有油画《九溪秋色》、《上海大厦俯瞰黄浦江》、《上海大厦瞰视》、《苏州河夜景》、《雁来红》、《无限风光在险峰》，和中国画《艳斗汉宫春》、《红梅》、《五老峰雪霁》等等。