1929年2月20日，刚刚由苏俄回到上海不久的苏兆征病逝了。1月间，苏兆征离苏前，突然得了阑尾炎，瞿秋白劝他动手术把阑尾切除，休息一段时间再走。苏兆征在六大后任政治局委员、中央工委书记，急于回国开展工作，执意要走。瞿秋白只好同意。没想到，回到上海后病情恶化，救治无效，终于逝世。年仅43岁。从1927年武汉时期起，瞿秋白就同苏兆征在一起工作。苏兆征工作严肃认真，一丝不苟。越是在斗争的紧要关头，环境最恶劣时，他越是充满信心，与同志合作得越好，得到许多同志的爱戴。他的死，使瞿秋白悲痛不已。他给杨之华的信中说："昨天接到三封信，只草草地写了几个字，一是因为邮差正要走了，二是因为兆征死的消息震骇不堪，钱寄到的时候我都不知道。1922年香港罢工的领袖，他是党里工人领袖中最直爽、最勇敢的，为何我党又有如此之大的损失呢？前日我们和斯大林谈话时，他所关心的问题，是如何切分合于群众斗争的需要；他所教训我--尤其是'八七'之后是如何的深切。……我党的老同志，凋谢的如此之早呵，仿佛觉得我还没有来得及做些丝毫呢！！"
是的，大革命失败后，李大钊、汪寿华、肖楚女、陈延年、赵世炎、张太雷、罗亦农、向警予相继殉难，留下来的老同志越来越少，弥足珍贵。苏兆征末死于敌人屠场，却死于小病阑尾炎，这是多么令人惋惜和悔恨呵！这件事，成为瞿秋白的一块心病。此后，他常常自责地说：我没有坚持说服他留在莫斯科，是一个不能挽回的错误！
只有用加紧工作来弥补已经无法弥补的损失于万一了。瞿秋白的工作量更大了。会议占去了他的大部分时间，写作只能8小时乃至10小时之外去安排了。他的身体越来越坏，神经衰弱很严重。有时睡到半夜，突然会从床上跳到窗前，口水不住的从口中流出来。他感觉到："我只有丝毫的精力支持着自己的躯壳。"
1929年9月，又一个不幸的消息传来：彭湃、杨殷等同志被捕。彭湃是中国共产党领导农民运动的创始者，杨殷是工人运动领袖，当时都是中央政治局的成员，由于叛徒告密被捕，8月30日即被杀害。瞿秋白9月初才得到彭、杨被捕的消息。9月6日他写信给中共中央说："得彭、杨被捕之电，究竟情形怎样？此事宜亟设法，究竟用武力劫狱，或贿买狱卒，或其他方法救济，你们就能就地决定，如需特费，宜速来电声明。"9月15日，他又写信给中共中央，问及彭、杨，焦急地说："彭、杨如何，急死人了！！"9月下旬，彭、杨被害的噩耗传到莫斯科，他怀着对敌人的无比仇恨，对同志的无限悼念，在深夜写了《纪念彭湃同志》一文，发表在苏联《真理报上》上。
这时，已经接受托洛茨基观点的陈独秀，在中东路事件发生后，对中共中央采取"捕护苏联"的简单策略表示异意。陈独秀在1929年七八月间，接连写信给中共中央，全面批评中共路线。中共中央秉承共产国际的指示，作出了开除陈独秀出党的决定。瞿秋白写了《中国的取消主义和机会主义》批评陈独秀。王若飞不赞成立刻开除陈独秀，而主张应先与陈独秀进行辨论，并向党内群众进行解释。结果，王若飞受到批评，并被停止了参加中共中央代表团和共产国际的工作。这件事，虽然是由共产国际决定的，但作为中共代表团的负责人，瞿秋白也负有一定的责任。
根据中共六大的决议，中共中央于1929年7月写信给驻共产党国际中国代表团，指定瞿秋白、张国焘、陆定一、王若飞、蔡和森等组成党纲起草委员会，以瞿秋白为书记，负责起草七大的党纲。不久瞿秋白又病倒了。1930年1月，他写信向中央报告说："我最近又因为天气关系大病起来，简直差不多半个月晚上不能睡觉了，因此最近不能做什么工作。"瞿秋白唯一的要求是能够有一个安静的工作环境。他感到厌烦甚至憎恶的，是腾起的周围的喧嚣的噪音，那完全由人为的因素造成的阶级斗争扩大化，殃及了无数善良的人。1929年底，在苏共大规模"清党"的惶恐气氛笼罩下，米夫、王明等人在莫斯科中山大学欣起的无休止的"反倾向斗争"，完全打乱了中国代表团的工作计划，已经使瞿秋白无法正常地工作下去了。